این نوع حسابرسی دربرگیرندهٔ بررسی روشمند فعالیتهای یک سازمان یا بخش مشخصی از آن در دستیابی به هدفهایی مشخص است. حسابرسی عملیاتی در بیان کلی شامل ارزیابی رعایت «صرفهٔ اقتصادی» هنگام تهیهٔ منابع و ارزیابی «کارایی» عملیات هنگام استفاده از منابع و «اثربخشی» عملیات برای نیل به اهداف از قبل تعیینشده و در نهایت، پیشنهادهای اصلاحی به مدیران سازمان است
معهذا با عنایت به اینکه ارزیابی کارایی، اثربخشی و صرفهاقتصادی بخشی از فرآیند عادی مدیریت هر واحد تجاری است، لذا مدیران، بررسی عملکردها را بهعنوان یکی از مسئولیتهای خود برای دستیابی به اهداف میدانند
شایان توجه اینکه هدفهای حسابرسی عملیاتی، ارزیابی عملکرد، شناسایی فرصتهای بهبود عملیات، ارائهٔ پیشنهاد یا ترکیبی از آنهاست. بین کارهای مختلف حسابرسی عملیاتی تفاوتهای چشمگیری وجود خواهد داشت. از یک طرف، حسابرسی عملیاتی ممکن است برحسب درخواست ارائهشده تنها با هدف ارزیابی عملکرد یک سازمان انجام شود. از طرف دیگر، حسابرسی عملیاتی میتواند شامل انجام بررسیهای عمیق بهمنظور ارائهٔ پیشنهادهایی دربارهٔ راههای اصلاح مشکلات جدی عملیات باشد
بین این دو محدودهٔ بالا، ممکن است از این مؤسسه خواسته شود که عملیات را بررسی و نقاط ضعف را گزارش کند و تأکید گردد که زمان کمی برای تهیه و تدوین پیشنهادها صرف نماید. در هر حال، حسابرسی عملیاتی بر حسب نیاز، اغلب ترکیبی از هدفهای بالا خواهد بود
با توجه به اینکه هدفهای حسابرسی عملیاتی بسیار متفاوت است، این مؤسسه بهمنظور جلوگیری از هرگونه برداشت نادرست دربارهٔ هدف کار و همچنین کسب حداکثری انتظارات مدیران از انجام حسابرسی، قبل از شروع عملیات حسابرسی، با ارائهٔ مشاورهٔ لازم، هدف یا هدفهای کلی را از این نوع حسابرسی بهطور شفاف تعیین خواهد نمود